La Chapelle des Missionnaires de la Miséricorde a fait le choix d'un ensemble liturgique total — pierre, marbre, or, fresque — parce qu'une chapelle de communauté missionnaire est avant tout un lieu de prière, dont la beauté doit accompagner et nourrir la vie spirituelle.
L'ensemble articule plusieurs éléments : l'autel en pierre, ad orientem, sur lequel s'offre le sacrifice eucharistique ; le tabernacle à l'Agneau, lieu de la présence réelle ; le crucifix en marbre, qui rappelle la croix au-dessus de l'autel comme l'a recommandé le pape Benoît XVI ; les deux anges adorateurs dorés à la feuille d'or ; et la fresque à fresco peinte dans l'abside. Chaque matière a sa fonction : la pierre porte (sacrifice), le marbre élève (croix), l'or signifie le divin (anges), la fresque ouvre l'espace (abside). Pour cet autel sur mesure, le sculpteur d'art sacré Jean-Joseph Chevalier a conçu un ensemble qui rejoint, par sa cohérence et la richesse de ses matériaux, l'autel en marbre de Brignoles, autre programme complet d'ensemble liturgique. La Présentation générale du Missel romain (n° 326) recommande pour le mobilier liturgique l'usage de matériaux « dignes, durables et en harmonie avec l'usage sacré ».